시화호 공사 이전 옛 군자만에는 평균 40여 종의 저서동물이 보고 되었다. 방조제가 완공되면서 출현종수는 급격하게 감소하였으며, 담수화가 시작된 1995년부터 1997년 여름철까지는 저서동물이 매우 제한적으로 출현하였다. 특히 빈산소층이 형성되었던 시기에는 시화호 대부분의 해역이 무생물대로 변하였다. 갑문을 통한 해수의 상시 유통이 진행되면서 시화호의 저서동물은 큰 폭의 증가와 감소가 반복되는 양상으로 바뀌었다. 즉, 해수유통 이후 저층 환경이 개선되는 시기에는 저서동물의 종수가 증가하였다가 여름철에는 빈산소층의 형성으로 저서동물이 사라져버리는 경향이 계속되었다. 이러한 극단적인 계절변동 양상을 보이던 시화호가 2012년에 시화호 조력발전소가 가동된 후 규칙적인 해수유통의 영향으로 해수뿐 아니라 저서환경에서도 생태계 개선효과가 나타나고 있다. 조력발전소 가동 후 저서동물의 평균 서식밀도, 종수, 생체량 및 종다양도 지수가 점차 증가하고 있으며, 생태계의 불안정도를 나타내는 지수(SEP)의 경우에는 감소 추세를 보인다. 또한, 흰이빨참갯지렁이, 개불, 농게, 세스랑게, 엽낭게 등의 종들이 시화갯벌 서식지로 새롭게 가입되고 있다. 시화호의 이러한 변화는 저서생태계가 자연상태의 환경으로 천이되어가고 있다는 긍정적인 변화양상이다.

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